Böylelikle bu yıllarda Saint John ın kendisine İsa tarafından emanet edilen Meryemana ile birlikte Efes te olduğunu anlıyoruz. Saint Paul ün öldürülmesinden sonra Saint John, Efes Kilisesi ne bağlı kiliselerin başına geçerek İncil ini burada yazar.
Ölümünden sonra da vasiyeti üzerine bugün de kendi adıyla anılan kilisedeki yerine gömülür. Hıristiyanlığın Efes te güç kazandığı M.S. 4. y.y. da mezarı üzerine ahşap çatılı bir Bazilika yapılır. Bizans imparatoru Justinien ( M.S. 527 - 565 ) döneminde ise bugün kalıntılarını gördüğümüz kilise yapılır.
Haç planlı yapı avlu, narteks ve 5 nefli ana kısımdan oluşmaktadır. St. John un mezarı, en ortadaki kubbeli bölümün altındadır. Mezardaki bir delikten çıkan kutsal tozun iyileştirici özelliği olduğuna inanılıyordu. 7. - 8. y.y. da Efes, Arap akınlarıyla karşı karşıya kaldığı zaman kilisenin çevresine sur duvarları yapılmış ve bulunduğu yer tepe üzerindeki kaleye bağlanarak, buraya bir dış kale görünümü verilmiştir.
14. y.y. da kilisenin yakınına yapılan ünlü İsa Bey Camisinden sonra çok daha önem kazanan bu bölge, günümüzde yapılan kazı ve restorasyon çalışmalarıyla her gün binlerce ziyaretçinin uğrak yeri olmuştur.